La arquitectura mudéjar, de raigambre popular, dura en Cali hasta el Siglo XIX. El neoclasicismo, producto tardío del nuevo auge de las colonias después de las reformas borbónicas del Imperio Español en el siglo anterior, la borró del todo en los edificios importantes. El Gesù de Vignola, en Roma, será entonces el modelo para los templos jesuíticos, y su planta de tres naves y crucero con cúpula, es una constante en Suramérica, como en la iglesia nueva de San Francisco. Diseñada por el arquitecto payanés Don Andrés Marcelino Pérez de Arroyo y Valencia a fines del XVIII, fue terminada pasada la Independencia, en 1828, por Fray Pedro de Herrera y Riascos. Está en el extremo de la ciudad de entonces, en una esquina, como las iglesias coloniales pero con su plazoleta al otro lado de la calle, y era más grande que la vieja Catedral. Es una evolución de la arquitectura anterior, aunque ya con influencias manieristas (S. Sebastián, Arquitectura colonial en Popayán y Valle del Cauca, 1965),